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2005.09.29

ほとほと

ここ二日間は寝ている間と食べてる間以外は全てプログラミングと実験しています。が望む結果が出ない。メモリが足りない。ディスクが足りない。ゲノムは怖い。

そのほか

研究部屋が理学部7号館から先端知ビルに移りました。快適ですが鍵をもらっていないので、ドアの外で人がくるのを待っています。でも無線LANが入るから外でもなんとかなってしまう。もっと快適な環境にしよう

ESSの集まりがありました。半分が社会人でした。もうすぐ少数派。社会に出るとみんな大人になるなぁ。

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2005.09.27

xbw

Structuring labeled trees for optimal succinctness, and beyond, P. Ferragina and F. Luccio and G. Manzini and S. Muthukrishnan [リンク]

教えてもらいました。
FOCS 2005で発表される木構造データに対するBurrow Wheeler's Transformみたいなもの。
各節点や葉につけられた情報をそのまま出力するのではなく、祖先情報に依存した状態で出力する。それでTree Entropyが定義されるのだが、それをテキスト情報に対するBWTと同じように、ラベル列に対し可逆変換を施すことで、自然と圧縮されやすい形にしてそのTree Entropyで保存できるようになる。

各節点につけられたラベルをつなげたラベル列はその祖先パスの辞書式順序でソーティングされ同じラベルが連続して出現しやすいラベル列に変換される。各節点はそれが最後の子であるかどうかの1bit符号だけを持つ。(節点が葉であるかないかの1bitも必要。これにより、n個の節点、葉を持つ木の構造を2nbitで表現する。これは括弧木と同じ) 

BWTは全ての節点が一つだけの子を持つ直線木に対するXBWとして表現される。

注目すべきは、BWTをテキスト以外の情報にはじめてきれいに適用できたということ。
グラフ構造に対しても同様な定義ができたりするんでしょうかね。

木構造やグラフ構造をいかに少ない情報量で保存するか。そして高速なクエリー処理を可能とするように索引付けをどのように実現するかはこれから注目ですね。

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2005.09.23

夏のプロシン

に行ってきました。長野。
夏のプロシン2005

初長野新幹線でした。温泉満喫。
懐かしい人たちや、新しく会った人と酒を飲みました。

私は、未踏でもやっていた圧縮付索引技術についての発表をしました。IIWT(Inverted file Indexing with Wavelet Tree) という新しいインデクシング技術を提案したり、未踏で開発したvertical codeという符号についても簡単に解説しました。

発表資料 「現実的な圧縮付全文索引」
「spro2005.ppt」をダウンロード

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2005.09.18

祖母

今週火曜に、福島にいる祖母の容態が急変し、その日のうちに急逝しました。80才でした。
今日ようやく火葬、通夜、告別式の全てが終わりました。

私は、火曜の朝に知らせを聞いて急遽福島に帰省しましたが間に合いませんでした。月曜の夜に入院したと聞いたのですが、あっという間でした。
地元の葬式はとても大きいもので、総勢300人くらいがやってきました。大変・・

小さい頃は祖母とよく将棋とかで遊んでました。いつも同じ形で勝たせてくれた。

祖母との思い出を大切にして、これからもがんばります。

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2005.09.14

しばらくの間

実家に帰省します。
来週月曜頃には東京に帰ってくるつもりです。

#ただその翌日からは夏のプロシンに行ってきます。

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2005.09.13

クラスタ設置

はじめて、クラスタ設置の手伝いをした。研究室の方で、数台ぐらいはやったことはあったが、大規模なのは初めて。
朝9時から夜10時ぐらい。ダンボールと発泡スチロールとケーブルの海に埋もれる。ハードウェアで10倍速くするのはいかに大変か身にしみてわかり、ソフトウェアで10倍速くするのがいかに大切なのかがわかった。

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2005.09.11

違う道

小中高と同じ通学路を通ってきたものとしては、毎回同じ電車に乗っているというのはつまらないということで、いろいろ変えてみる。今日は東西線。JR⇒東西線直通なので、SUICAで入って、出るときに「ダメだよ」といわれてはんこおされてお金払って出る。いつも分かっていながらどきどき。

原稿をがりがり書く。転置ファイルの他の実装をいろいろ見てみる。
バイト場へ。夜遅くまでかかったので、ファイヤーハウスのハンバーガーを宅配してもらって食べる。

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2005.09.10

転置ファイル

転置ファイルのプログラムをさくさくと書いてみる。そして、いろいろな整数符号化法を試してみる。
転置ファイルでは単語が出現していた場所を位置の整数列で保存するが、そのまま整数で保存せずに圧縮するとかなり小さくなる。この整数符号化法はかなり奥が深いし、まだまだ研究が続いている。Binary Interpolative Coding とか、Recursive Integer Codingとか。Wavelet Treeも実は転置ファイルに使えるということは、あまり知られていない。(Wavelet Treeがそもそもあまり知られていない)

これについても、そのうち記事で書きます。

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2005.09.09

ヒッチコック

ヒッチコック・コレクションのDVDをゲットしたので、それを夜鑑賞している。
前にヒッチコック本を買ったということも影響あるが、英語リスニングの練習ということも兼ねている。DVDだと字幕選べるし。今のところ「THE MAN WHO KNEW TOO MUCH」と「SABOTEUR」を見た。前者は、ケセラセラがこの中の歌だというのは初めて知った。後者は作成当時の戦争の影響が強く出ている。

なんか、漫画とか映画は、どんどん過去にさかのぼってるなぁ。研究が先急いでいる反動だろうか。

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2005.09.07

猫並み

並みちょっと片付けとか忙しい日が続いて疲れたので、ごろごろしがち。これではいけない。
でも、忙しくないのに忙しくしようとするのは立派な狂気だと本に書いてあった。というわけでもうちょっとごろごろ。いや、忙しいはずなんだけど。

そうしていると、区役所の人がやってきて家を消毒をしてもらった。職員が全身防護+マスクで「これはやばいよー」と言っていたが、その通りでものすごい塩素臭というか刺激臭というかで、俺はやられてしまい家を脱出。においが消えない。

パンと牛乳を買ってもぐもぐ。最近は駅の近くのパン屋でパンと牛乳を買って近くの公園で食べるのがお気に入り。まわりは疲れたサラリーマンやホームレスの人が同じような感じで食べている。

で、学校へ久しぶりに行く。研究室では、今、メッセが流行りはじめていた・・。書類とかをもらった後、IJCNLPの旅行手続きをしようと思ったが、人があまり来ていない。台風の影響か。帰る。

区役所で手続きしたり出版社を訪問したりパソコン買ったりして帰宅。家でまた、ぐでーんとなる。

明日からフルスロットルと昨日言ったのになぁ・・。

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2005.09.06

床上浸水その後

とりあえず一段落ついた。

昨日は9時ぐらいからの大雨で急いで家に帰ったら、家の前の道が川になっていて、10時ぐらいに近所の人と話して急いで荷物を上にあげようということになって、タンスやテレビをどけて畳あげているうちに水が家の中にどわーっと入ってきた。

後は基本的に2階で避難。上流のほうで停電してきているらしいという話を聞いて懐中電灯などを1階で水につかりながら見つける。冷蔵庫とかの家電も水につかってダメだろうなと思っていた。地震とかには備えていたがまさか水にやられるとは思わなかった。川の橋はわたれなくて、泳いで向こう岸から橋を渡ってきていた人がいたが、かなり危険な状況。

で、テレビを見たらNHKが大雨情報を出している程度で、これ以上増えるのか減るのかわからないし、そもそも氾濫している状況は朝まで報道されなかった。結局近所の人からの情報だけしか入ってこなかった。

翌日は朝から親戚が応援に来て家の片付け。(俺は今、実家に居候として住んでいる。)あげるのが間に合わなかった畳が水を吸ってめちゃくちゃ重いしぐちゃぐちゃになっている。畳は浸水の時は上げるようにと聞いたことがあったが、実際に体験すると、畳はあげておくのとそうでないのと後の作業量が全然違う。夜ぐらいにようやく掃除が終わる。後は消毒して大工の人に床を直してもらってという感じか。しばらく1階は閉鎖。

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2005.09.05

床上浸水

しました。1階が川の一部になった。日常生活に戻るにはしばらくかかりそう

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2005.09.03

未踏Youthブースト会議

自分はOBとして参加してきました。
みなさんの発表内容は口外しちゃダメなことになってますが、とても面白かったです。勉強になった。
いろいろメモったのでこれから調べてみよう。

会議の夜は睡眠不足で結構飲んだので、かなり早い段階で意識が遠くへ行ってしまったのですが、それはそれで楽しかった。たぶん言っていることがループしていたでしょう。

最終成果発表会も見に行きたいなぁ。

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